Elisabeth sinh ra tại Palazzo della Pilotta ở Parma, là con gái của Odoardo Farnese, Hoàng tử cha truyền con nối của Parma, người thừa kế ngai vàng của Công quốc Parma và mẹ là Dorothea Sophie của Neuburg.[3] Khi Elisabeth được 1 tuổi thì bố cô đột ngột qua đời, mẹ cô sau đó đã kết hôn với em trai của bố cô là Francesco Farnese, Công tước của Parma.

Elisabeth đã lớn lên trong Cung điện hoàng gia ở Parma, cô được cho là có mối quan hệ không tốt với mẹ mình, nhưng cô lại rất cởi mở và thân thiết với người bố dượng Francesco Farnese, đồng thời cũng là chú ruột của cô. Elisabeth nhận được một nền giáo dục hoàng gia tốt, cô thông thạo các ngôn ngữ như: tiếng La Tinh, tiếng Pháp, tiếng Đức và được đào tạo về hùng biện, triết học, địa lý và lịch sử. Nhưng theo các tài liệu để tại thì cô không có hứng thứ với việc học hành và các vấn đề liên quan đến khoa học.[4] Elisabeth được đánh giá là có năng khiếu về khiêu vũ, hội hoạ dưới sự dạy bảo của Pietro Antonio Avanzini, ngoài ra cô còn rất thích âm nhạc và thêu thùa. Elisabeth từng mắc phải bệnh đậu mùa, nhưng may mắn là đã vượt qua. [5]

Cha của Elisabeth mất sớm nên không để lại người thừa kế nam, 2 người chú của cô thay nhau lên kế vị ngôi Công tước của Parma nhưng cũng không có người thừa kế nam nào, nên Hoàng gia Farnese đã lên kế hoạch đưa cô lên ngai vàng. Do đó, Elisabeth đã nhận được nhiều lời cầu hôn chính trị, trong đó có Hoàng tử Victor Amadeus, người thừa kế của Nhà Savoia và Hoàng tử Francesco d'Este, người thừa kế của Công quốc Modena và Reggio, nhưng tất cả các đàm phán hôn nhân chính trị này đều thất bại. Công quốc Parma sau này đã được thừa kế bởi Vương tử Don Carlos, con trai cả của cô. Sau khi Don Carlos tiếp nhận ngai vàng Đế quốc Tây Ban Nha, tước hiệu này được nhường lại cho người con trai thứ 2 của bà là Vương tử Don Felipe, chính người này đã khai sinh ra Gia tộc Bourbon-Parma.